《自然资源确权登记暂行办法》规定，“自然资源统一确权登记以不动产登记为基础，依据《不动产登记暂行条例》的规定办理登记的不动产权利，不再重复登记”。以不动产登记为基础，实际上已经成为自然资源确权登记的基本方法，这不仅表现在登记机构、信息平台、登记簿册等设施层面，更是浸入实体登记规则。

20世纪90年代初，为了保护重点国有林区不被侵占，原林业部对重点国有林区进行登记发证，这使东北、内蒙古重点国有林区的林权得以基本稳定。当时颁发的林权证，以每一个重点国有林区为单元，对各林场林地界址、面积、森林资源类型、森林蓄积量、城镇建设用地、农业用地等进行了记载。这实际是一个系统性、集合性的登记，但由于明确了国有资源所有权的边界和范围，全民所有森林资源得以有效保护。从登记目的、登记单元上看，这可以看作我国自然资源确权登记的最早实践。

2020年，国家在根河等5个国家重点林区开展自然资源确权登记。既然原来国家重点林区已经颁发林权证，明确了国有自然资源的范围，为什么还要再开展自然资源确权登记？其主要理由有：国家重点林区是中央政府直接行使所有权的自然资源，林权证虽然记载了森林资源为国家所有，但没有明确所有权代表行使主体、代理行使主体等所有权主体；林权证明确记载“本证系森林、林木和林地经营管理权之法律凭证”，证书记载的权利人为各个林业局及其下属的林场，对国家重点林区的国家所有权内容没有体现；国家重点林区林权证仅记载了林地经营面积和森林蓄积量，对重点林区范围内的水流、草原、自然保护地等自然资源未涉及；国家重点林区林权证有的只记载了地方用地面积，没有将地方用地划出，需要通过自然资源确权登记，划出地方用地范围，明确中央政府和地方政府行使所有权的边界；通过自然资源确权登记关联国土空间规划明确的用途、划定的生态保护红线等管制要求及其他特殊保护规定等信息，有利于更好保护国家重点林区森林资源和其他自然资源。

在这个过程中，国家重点林区自然资源确权登记的范围必须依据原来林权证确定的经营范围，国家和集体的权利边界必须依据原来林权证等不动产登记结果确定的边界，所有权和使用权的界限必须通过关联不动产登记成果来确定，这正是“以不动产登记为基础”的核心要义。

这也表明，自然资源确权登记与不动产登记，一个侧重国家自然资源所有权，一个侧重国家自然资源所有权以外的各类不动产权利，两者互融互通、紧密联系，结合起来才是完整的统一确权登记体系，两者互补才能实现确权登记全覆盖。当然，国家自然资源所有权天然具有的主体抽象性、客体复杂性、内容公权性等特征，要求自然资源确权登记采取较一般不动产登记不同的处理方式，但前提是必须坚持产权登记的一般原理。